در حالی که برخی در تلاش برای تحریف دیدگاه‌های امام خمینی و موجه جلوه دادن دخالت نظامیان در سیاست هستند؛ تأکید بر مخالفت امام با ورود نظامیان به سیاست از سوی حجت السلام والمسلمین سید احمد خمینی در دیدار با سرتیپ ستاری فرمانده نیروی هوایی ارتش جمهوری اسلامی ایران، فرماندهان و پرسنل این نیرو، به خوبی می‌تواند نشان‌دهنده اهمیت این باشد.
یادگار امام، در این دیدار که به مناسبت سالروز بیعت نیروی هوایی با رهبر کبیر انقلاب اسلامی و بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران اصل در تاریخ ۶۸/۱۱/۱۸ انجام گرفت، می‌گوید:
«اگرچه سایر پرسنل ارتش به طرق مختلف در پیروزی انقلاب اسلامی دست داشتند، اما شما پرسنل نیروی هوایی اولین گروهی بودید که به صورت جمعی رسما وارد مدرسه علوی شدید و با امام‌تان پیوند بستید.
حضرت امام شدیدا به مسأله خود کفایی و استقلال در ارتش و خصوصا نیروی هوایی تأکید داشتند. ما باید در همه زمینه‌ها روی پای خود بایستیم. مسائل سیاسی از جمله چیز‌هایی بود که امام اعتقاد داشتند هیچ وقت در ارتش رسوخ نکند.» (مجموعه آثار یادگار امام، ج۲،ص 323)
امام خمینی در 24 اسفند 1360 با صراحت تأکید می‌کند: «ورود سیاست در ارتش شکست ارتش است، این را باید بدانید و شرعاً جایز نیست».
«من عرض می‌کنم به همه این قوا و به فرماندهان این قوا که این افراد در هیچیک از احزاب سیاسى، در هیچیک از گروهها وارد نشوند. اگر ارتش یا سپاه پاسدار یا سایر قواى مسلحه در حزب وارد بشود، آن روز باید فاتحه آن ارتش را خواند. در حزب وارد نشوید، در گروهها وارد نشوید اصلاً. تکلیف الهى ـ شرعى همه شما این است که یا بروید حزب یا بیایید ارتش باشید؛ مختارید از ارتش کنارهگیرى کنید بروید در حزب، میل خودتان، اما هم ارتشى و هم حزب، معنایش این است که ارتشى باید از ارتشىاش دست بردارد، بازیهاى سیاسى باید توى ارتش هم وارد بشود. در هر گروهى که وارد هستید باید از آن گروه جدا بشوید، ولو یک گروهى است که بسیار مردم خوبى هم هستند، ولو یک حزبى است که بسیار حزب خوبى هست، لکن اصل وارد شدن در حزب براى ارتش، براى سپاه پاسداران، براى قواى نظامى و انتظامى وارد شدنش جایز نیست، به فساد میکشد اینها را. و من عرض می‌کنم که کسانى که در رأس ارتش هستند و کسانى که در رأس سپاه پاسداران هستند موظف هستند که ارتش را و سپاه را و سایر قواى مسلح را از احزاب کنار بزنند و اگر کسى در حزب هست، باید او را از ارتش بگویند یا در آنجا یا در اینجا
و همینطور سپاه پاسداران و همینطور سایر قواى مسلح باید وارد در جهات سیاسى نشوند تا انسجام پیدا بشود. اگر وارد بشوید، بالاخره به هم خواهید زد خودتان را و بالاخره در مقابل هم خواهید ایستاد و نظام را به هم خواهید زد و اسلام را تضعیف خواهید کرد. تکلیف همه شما این است که با هم باشید بدون اینکه در یک حزب یا در گروهى وارد شده باشید، هر گروهى مىخواهد باشد. گروه فاسد که انشاءاللّه، وارد نمیشوید، گروه‌هاى بسیار خوب هم وارد نشوید. باید شما مستقل، بدون اینکه پیوند به یک گروهى داشته باشید مستقل باشید و از حزب اللّه تعالى شأنه. ...
این گروه‌هاى اسلامى هم نباید دخالت در امور ارتش بکنند و نباید در آنجا افراد داشته باشد، تا بتوانید یک عضو صالح و یک ارتش و سپاه پاسداران منسجم و صالح و قدرتمند باشید. ورود سیاست در ارتش شکست ارتش است، این را باید بدانید و شرعاً جایز نیست. و من امر مى کنم به شما که یا در ارتش یا در حزب، دوم ندارد که بخواهید هم ارتشى باشید، هم حزبى، نمى شود.» (صحیفه امام، ج16، صص 111-110)
امام خمینی در سخنانی به مناسبت سالروز تولد امام هشتم(ع) در جمع مسئولین نظام می‌گوید:
«همه دنیا که دنبال این هستند که ارتش‌شان از امور سیاسى کنار باشد، آنها یک چیزى میفهمند که میگویند این را ـ ما که میخواهیم که سپاه و ارتش جنداللّه باشند و دسته بندى نداشته باشند و جهات سیاسى را کنار بگذارند، براى اینکه اگر جهات سیاسى و مناقشات سیاسى در سپاه رفت و در ارتش رفت، باید فاتحه این سپاه و ارتش را ما بخوانیم.»
«براى سپاهی ها جایز نیست که وارد بشوند به دسته بندى، و آن طرفدار آن یکى، آن یکى طرفدار آن یکى. به شما چه ربط دارد که در مجلس چه مىگذرد؟ در امر انتخابات باز هم به من اطلاع دادند که بین سپاهیها هم باز صحبت هست. خوب! انتخابات در محل خودش دارد مىشود، جریانى دارد، به سپاه چه کار دارد که آنها هم اختلاف پیدا کنند؟ براى سپاه جایز نیست این. براى ارتش جایز نیست این. سپاهى را از آن تعهدى که دارد، از آن مطلبى که به عهده اوست باز میدارد و همین طور ارتش را. و ما در گفتارمان، در کردارمان که در محضر خداى تبارک و تعالى واقع است، باید فکر بکنیم...»
سخنان امام خمینی در سال 62 خطاب به نماینده خویش در سپاه پاسداران (شهید محلاتی) و مسئولین سپاه اصفهان: «...اصفهان مردم خوب و متدینی دارد، آقایان که آنجا میروند توجه داشته باشند که به هیچ کس گرایش پیدا نکنند، و سعى کنند سپاه مستقل باشد، البته نسبت به همه با صمیمیت برخورد کنید، سعى کنید اختلاف نظرها را که در تمام جاهاست به سپاه نکشانید.»
هنگام تشکیل وزارت سپاه، امام خمینی تأکید می‌کند:
«باید سعی کنید جهات سیاسی در سپاه وارد نشود، که اگر افکار سیاسی وارد سپاه شود جهات نظامی آن از بین میرود. همیشه به سپاه سفارش کنید که آنان خودشان را یک جنگنده خدمتگزار مردم بدانند»
در پیام 29 فروردین 1361 خطاب به تمامی نیروهای نظامی امام خمینی تأکید می‌کند:
«از امور مهمى که باید تمام نیروهاى مسلح از آن پیروى کنند و اغماض از آن به هیچوجه نمىتوان کرد و باز هم تذکر دادهام، آن است که هیچیک از افراد نیروهاى مسلح، چه ردههاى بالا یا پایین در حزب و گروهى با هر اسم و عنوان نباید وارد شوند، هرچند آن حزب و گروه صددر صد اسلامى و به جمهورى اسلامى وفادار باشند. و هر کس در یک حزب و گروه وارد شد باید از ارتش و سپاه و سایر قواى انتظامى و نظامى و قواى مسلح خارج شود. و فرماندهان و مسئولان موظف هستند که هر کس در یکى از احزاب یا گروه‌هاى سیاسى یا دینى وارد شد به او تذکر دهند که از حزب و یا گروهها و یا سازمان خارج شود، و اگر تخلف کرد او را از ارتش یا دیگر قواى مسلح اخراج کنند، و همه افراد موظفاند چنین اشخاصى را به فرماندهان معرفى نمایند. و باید توجه داشته باشند که ورود قواى مسلح در احزاب و گروهها و سازمان‌ها، پایه قواى مسلح را متزلزل خواهد کرد و غفلت از این امر موجب پیگرد خواهد بود.»
امام خمینی همچنین در وصیت نامه خویش در بند مستقلی خطاب به قوای مسلح می‌گوید:
«وصیت اکید من به قواى مسلح آن است که همان‌طور که از مقررات نظام، عدم دخول نظامى در احزاب و گروهها و جبههها است به آن عمل نمایند؛ و قواى مسلح مطلقاً، چه نظامى و انتظامى و پاسدار و بسیج و غیر اینها، در هیچ حزب و گروهى وارد نشده و خود را از بازیهاى سیاسى دور نگه دارند. در این صورت میتوانند قدرت نظامى خود را حفظ و از اختلافات درون گروهى مصون باشند. و بر فرماندهان لازم است که افراد تحت فرمان خود را از ورود در احزاب منع نمایند. و چون انقلاب از همه ملت و حفظ آن بر همگان است، دولت و ملت و شوراى دفاع و مجلس شوراى اسلامى وظیفه شرعى و میهنى آنان است که اگر قواى مسلح، چه فرماندهان و طبقات بالا و چه طبقات بعد، برخلاف مصالح اسلام و کشور بخواهند عملى انجام دهند یا در احزاب وارد شوند که ـ بیاشکال به تباهى کشیده میشوند ـ و یا در بازیهاى سیاسى وارد شوند، از قدم اول با آن مخالفت کنند. و بر رهبر و شوراى رهبرى است که با قاطعیت از این امر جلوگیرى نماید تا کشور از آسیب در امان باشد.»
پس از شهادت شهید محلاتی، نماینده امام در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، جانشین وی در سپاه طی نامهای به امام خمینی مینویسد:
«با فرا رسیدن ایام انتخابات مجلس شوراى اسلامى و امر موکد حضرتعالى در مورد عدم ورود نیروهاى مسلح در مناقشات سیاسى استدعا دارم به دلیل ابهاماتى که براى بعضى برادران پیش آمده است، در صورت امکان پاسخ دو سؤال ذیل را مرقوم فرمایید: 1ـ مسئولیت رسیدگى به مسئله عدم ورود نیروهاى سپاه و بسیج در مناقشات سیاسى بر اساس حکم حضرتعالى بر عهده نماینده حضرتعالى و شورایعالى سپاه بوده است. آیا اینجانب به عنوان جانشین نمایندگى حضرتعالى در مورد رسیدگى به تخلفات در امر انتخابات که مصداق روشن عدم ورود در مناقشات سیاسى است مسئولیتى دارم یا خیر؟ 2ـ آیا این حکم، خاص سپاه کشورى (سپاه قدیم) است یا شامل نیروهاى سه گانه سپاه که به امر حضرتعالى تشکیل شده است نیز میباشد؟
امام خمینی نیز در پاسخ چنین مینویسند:
بسمه تعالى
در مورد مسئله اول جنابعالى مسئول میباشید. و در مورد دوم، حکم شامل همه سپاه ـ سپاه قدیم و نیروهاى سهگانه سپاه میباشد.
روحاللّه الموسوى الخمینى
66/11/19
